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【最大4,000万円】共同輸配送や帰り荷確保等のためのデータ連携促進支援事業(中小物流事業者の労働生産性向上事業費補助金)とは?共同輸配送・帰り荷確保を支援する補助金の対象・申請方法

公開日:2026/7/6 更新日:2026/7/6
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「ドライバーの時間外労働は年960時間まで」2024年4月にスタートした物流の働き方改革は、いまや「対応するかどうか」の議論ではなく、「どうやって輸送能力を維持しながら利益を出すか」という経営そのものの問いに変わりました。国土交通省の試算では、対策を講じなければ2030年度には輸送能力が約34%不足するとされています。実際、営業用トラックの積載率は10年以上40%を下回る低水準で推移しており、単独での運行では効率化に限界があります。

こうした中、2026年4月には改正物流効率化法が本格施行され、年間9万トン以上の貨物を扱う「特定荷主」には中長期計画の策定や物流統括管理者(CLO)の選任が義務化されました。荷主と物流事業者がいっしょになって、共同輸配送や帰り荷確保、輸送経路の最適化に取り組む流れがいよいよ本格化しています。

そこで国土交通省が2026年度から実施しているのが、1協議会あたり最大4,000万円(補助率1/2以内)を支援する「データ連携促進支援事業」です。荷主企業2社以上を含む協議会が、物流情報標準ガイドラインに準拠して「物流・商流情報のオープンプラットフォーム」を構築・運営する取り組みを対象としています。この記事では、制度の概要、対象事業者・対象経費、2次公募のスケジュール、申請の流れまでを、公募要領と交付規程に基づいてわかりやすく解説します。

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この記事の目次

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データ連携促進支援事業とは?共同輸配送・帰り荷確保を支援する国交省の補助金

データ連携促進支援事業は、国土交通省の「中小物流事業者の労働生産性向上事業費補助金」の一環として、荷主企業と物流事業者が連携してデータ連携基盤を構築・運営する取り組みに対して、事業費の1/2以内・最大4,000万円を交付する制度です。事業の目的は、内閣府の戦略的イノベーション創造プログラム(SIP)で策定された「物流情報標準ガイドライン」を活用し、複数事業者間のデータ共有によって共同輸配送・帰り荷確保・輸送経路の最適化を実現することにあります。

補助事業者は国土交通省で、事務局は株式会社日本能率協会コンサルティング(JMAC)が務めます。荷主と物流事業者は協議会を組成してJMACに申請し、交付決定を受けたのち、事業実施・実績報告を経て補助金を受領する流れです。予算規模は1億円で、1協議会あたりの補助上限は4,000万円(税別)に設定されています。

【データ連携促進支援事業の基本情報】
  • 制度名:共同輸配送や帰り荷確保等のためのデータ連携促進支援事業(中小物流事業者の労働生産性向上事業費補助金)
  • 実施主体:国土交通省(事務局:株式会社日本能率協会コンサルティング/JMAC)
  • 予算規模:1億円
  • 補助率:1/2以内
  • 1協議会あたりの補助上限額:4,000万円(税別)
  • 2次公募期間:令和8年6月15日(月)14時 ~ 令和8年7月31日(金)17時(必着)
  • 事業完了期限:令和9年2月19日(金)
  • 実績報告期限:令和9年2月26日(金)

本事業が目指す3つの物流効率化

本事業では、物流情報標準ガイドラインを活用したデータ連携によって、次の3つの効率化を実現することを狙いとしています。

  • 共同輸配送:複数の荷主・物流事業者間でトラックを共同利用し、積載率を高める
  • 帰り荷の確保:復路の空車走行を減らし、車両稼働率を向上させる
  • 保管・輸送経路の最適化:倉庫の共同利用や配送ルートの再設計でコストを削減する

いずれも、単独の企業では実現が難しく、荷主同士・物流事業者同士のデータ共有が前提となります。そのため本事業では、「物流・商流情報のオープンプラットフォーム」の構築・運営そのものを支援対象としているのが大きな特徴です。

物流情報標準ガイドラインとは?準拠が補助金交付の要件

物流情報標準ガイドラインは、内閣府のSIPで公表されたデータ連携のための標準仕様です。このガイドラインへの準拠が、本補助金交付の必須要件となっています。ガイドラインは以下の3つの標準で構成されています。

標準概要
物流業務プロセス標準運送計画・集荷・入出庫・配達などのプロセスの流れやルールを定義
物流情報標準メッセージレイアウト標準運送計画情報・出荷情報・運送依頼情報などのメッセージ形式を定義
物流情報標準共有マスタ車輌・事業所・商品などの業界共通マスタを定義

準拠する際は、物流業務プロセス標準で定める4つのプロセス(共同運送・共同保管・検品レス・バース予約)から1つ以上を選択し、自社の業務プロセスを合致させる必要があります。また、名称やコード値もガイドラインに記載されたとおりに対応することが求められます。

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データ連携促進支援事業の対象事業者は?荷主企業2社以上の協議会が必須

本補助金の対象は、荷主企業2社以上を含む協議会です。単独の企業では申請できず、必ず複数事業者による協議会を組成する必要があります。

協議会に参画できる事業者

協議会は、以下の事業者で構成することが想定されています。

【協議会への参画が想定される事業者】
  • 荷主企業2社以上(必須)
  • 物流事業者(貨物運送事業者・倉庫業者等)
  • その他物流に係る関係者(物流システム事業者・物流マッチングサービス事業者等)

荷主企業2社以上は必須ですが、物流事業者や物流システム事業者の参画は任意です。ただし、実務を進めるうえでは、システム開発を担う事業者や、マッチングサービスの提供者を協議会に含めるケースが多くなると考えられます。

対象外となる事業者

以下のいずれかに該当する事業者を含む協議会は、対象外となります。

  • 国土交通省からの補助金等停止措置または指名停止措置が講じられている事業者
  • 交付規程別紙1「暴力団排除に関する誓約事項」に記載されている事項に該当する者

データ連携促進支援事業の補助対象経費は?システム開発・共同倉庫料などが対象

補助対象経費は、共同物流の実証・実施に必要な費用のうちJMACが認めたものです。物流情報標準ガイドラインに準拠した各種システムの導入・改修、クラウドサービスの利用料のほか、共同物流運賃や共同倉庫利用料も対象になります。ここでは、交付規程別表第2に基づく主な費目を整理します。

対象になる経費(事業費・業務費・工事費)

主な対象経費は次のとおりです。事業実施のために必要なシステム開発や設備導入、直接的な物流運営費が含まれます。

区分細分主な内容
業務費業務費システム等の調査・設計・製作・試験・検証、これに要する材料費・人件費・水道光熱費・消耗品費・通信交通費、請負費・委託料
業務費支払賃借料物品を共同で保管するための倉庫保管料等
事務費事務費社会保険料、賃金、諸謝金、旅費、需用費、役務費、委託料、使用料、消耗品費、備品購入費(事業費の一定率が上限)
工事費本工事費材料費、労務費、直接経費(特許権使用料・水道光熱電力料・機械経費)
工事費間接工事費共通仮設費、現場管理費、一般管理費
工事費付帯工事費・機械器具費・測量及試験費付随工事、工事用機械器具の購入・借料、調査・測量・設計・工事監理

なお、事務費については工事費・設備費・業務費の合計額に応じて、上限率が段階的に設定されています。5,000万円以下部分は6.5%、5,000万円超1億円以下部分は5.5%、1億円超部分は4.5%です。

対象にならない経費に注意

以下の経費は補助対象になりません。特に汎用性のあるパソコンやスマートフォン、事務所家賃、車両購入費などは対象外ですので、事業計画を立てる際は事前に整理しておく必要があります。

【補助対象経費として計上できない経費の例】
  • 免許・資格・権利の取得に要する経費
  • 建物・建物付属設備・構築物・船舶・航空機・車両及び運搬具の購入等(減価償却資産)
  • 不動産の購入費、株式の購入費、自動車等車両・船舶・航空機等の購入費・修理費・車検費用
  • 汎用性があり目的外使用になり得るもの(事務用パソコン、プリンタ、文書作成ソフトウェア、タブレット、スマートフォン、デジタル複合機、家具、集塵機、コンプレッサー、電源装置等)
  • 雑誌購読料、新聞代、団体等の会費
  • 事務所等に係る家賃、保証金、敷金、仲介手数料
  • 商品券等の金券、飲食・娯楽・接待等の費用
  • 税務申告・決算書作成のための税理士・公認会計士・弁護士費用
  • 収入印紙、振込等手数料、両替手数料
  • 公租公課(消費税等)、各種保険料、借入金の支払利息・遅延損害金
  • 平常の運営経費や汎用的な利用と区別できない消耗品費、水道光熱費、通信交通費等

自社製品・関係会社からの調達は利益排除が必要

補助対象経費のなかに、申請者の自社製品調達や関係会社からの調達がある場合は、利益相当分の排除が必要です。100%同一資本のグループ企業や関連会社からの調達では、原則として原価(人件費や製造原価)をもって補助対象額に計上するルールになっています。システム開発を協議会構成員の関係会社に委託する場合などは、この点を事前に押さえておきましょう。

データ連携促進支援事業の申請要件は?ガイドライン準拠・KPI設定・実証実施の3点

本補助金の交付を受けるには、次の4つの要件を満たす必要があります。単なるシステム導入補助ではなく、成果目標の設定と実証実施までを含めた事業計画が求められる点が特徴です。

要件1:物流情報標準ガイドラインへの準拠

前述のとおり、物流業務プロセス標準の4つのプロセス(共同運送・共同保管・検品レス・バース予約)から1つ以上を選択し、自社業務を合致させる必要があります。名称・コード値もガイドライン記載どおりに対応することが求められます。

要件2:事業目標(KPI)の設定と計測方法の明確化

物流データの標準化と物流効率化を実測するため、具体的なKPIとその計測方法を設定する必要があります。KPI項目の例としては次のようなものが挙げられます。

  • 積載率の向上
  • トラックの台数削減
  • システム連携による従来作業・荷役作業の時間削減
  • CO₂排出量の削減

要件3:実証事業の実施

事業期間内に、実証事業を実施して効果を確認することが必要です。実施計画には実証事業のスケジュールと確認方法を明記します。

要件4:本事業終了後の事業計画と目標の提示

補助事業が終わったあとも、協議会として物流データ標準化と物流効率化を継続していく事業計画と目標を提示する必要があります。単発の実証で終わらせず、持続的な取り組みにつなげることが評価のポイントです。

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データ連携促進支援事業のスケジュールは?2次公募は令和8年7月31日締切

2次公募のスケジュールは以下のとおりです。申請受付は令和8年7月31日(金)17時が締切で、採択発表は令和8年8月下旬が予定されています。

時期内容
令和8年6月15日(月)14時2次公募受付開始
令和8年7月31日(金)17時2次公募受付終了(必着)
令和8年8月下旬採択・不採択の判定、採択結果通知
令和8年8月下旬交付申請書再提出、交付決定、事業開始
令和8年9月上旬事業説明会の開催、進捗会議開始
令和8年11月頃中間報告書の作成・確認
令和9年2月上旬現地調査
令和9年2月19日(金)補助対象事業完了日
令和9年2月26日(金)実績報告書提出期限
令和9年3月中旬額確定通知、精算払請求
令和9年3月下旬補助金の受領

交付決定日より前に発注・契約した費用は補助対象外となる点に注意が必要です。また、進捗会議はJMACとの間で1〜2ヶ月に1回程度、WEBで開催されます。

データ連携促進支援事業の申請方法は?必要書類と提出方法を解説

申請は電子メールで行います。郵送やFAXでの申請は原則受け付けていません。提出先はJMAC物流データ連携促進支援事務局(datarenkei-jigyo2026@jmac.co.jp)で、件名の冒頭に「【物流データ連携・申請】」と付記する必要があります。

申請時の提出書類

申請時の提出書類は次のとおりです。荷主企業・物流事業者を含む協議会全構成員の書類が必要になるため、早めの準備が肝心です。

提出書類書類様式備考
実施計画書応募様式1
交付申請書様式第1
経費内訳様式第1別紙1
役員名簿様式第1別紙2協議会全事業者分
システム・機器類資料指定なし導入予定のシステム・機器等のパンフレット等
見積書指定なし原則3社以上の相見積書(随契の場合は理由書)
登記事項証明書または登記簿謄本指定なし取得後3ヶ月以内、協議会全事業者分
貸借対照表・損益計算書指定なし直近1年分、協議会全事業者分
協議会である証憑参考雛形あり協議会設立に関する協定書・覚書等

審査基準は11項目の総合評価

第三者委員会による公募選考委員会で、以下の11項目に基づく総合的な審査が行われます。

  • 提案内容が補助対象事業の目的に合致しているか
  • 物流情報標準ガイドラインに準拠した取り組みであるか
  • 中小物流事業者の労働生産性向上に資する取り組みであるか
  • 協議会が、今後の波及・展開が見込める体制で構成されているか
  • 補助対象事業の継続性があるか
  • 具体的な成果目標が設定され、成果を高める工夫があるか
  • 補助対象事業の関連分野(物流システム・共同配送等)の知見を有しているか
  • 役割分担が適切かつ明確か
  • 費用対効果が優れているか、適正かつ明瞭な積算がされているか
  • 実施方法・実施スケジュールが現実的か
  • 事業遂行のための資力・資金調達能力を有しているか

契約・発注は必ず交付決定日以降に

補助対象事業に係る契約や発注は、必ず交付決定日以降に行う必要があります。また、100万円以上の売買・請負・委託契約は、原則3社以上の相見積もりを取り、最低価格提示者を選定する一般競争が求められます。国土交通省から補助金等停止措置または指名停止措置を受けている事業者は、契約相手として選ぶことができません。

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データ連携促進支援事業に関するよくある質問


データ連携促進支援事業の補助上限額と補助率はいくらですか?


1協議会あたりの補助上限額は4,000万円(税別)、補助率は補助対象経費の1/2以内です。予算規模は1億円で、算出された額が4,000万円を超える場合は交付額を4,000万円に調整します。1,000円未満の端数は切り捨てとなります。なお、申請状況に応じて補助率が2分の1以内で調整される場合があります。



2次公募の申請締切はいつですか?


令和8年7月31日(金)17時(必着)が申請締切です。受付開始は令和8年6月15日(月)14時からで、電子メールでの提出のみ受け付けています。書類に不備がある場合は受理されないため、余裕をもって準備することをおすすめします。可能であれば、締切前にJMAC事務局に記載内容について相談することもできます。



単独の企業でも申請できますか?


単独の企業では申請できません。本事業の対象事業者は、荷主企業2社以上を含む協議会と定められており、必ず複数事業者による協議会を組成する必要があります。物流事業者(貨物運送事業者・倉庫業者等)や物流システム事業者は、必要に応じて協議会に加わることができますが、荷主企業2社以上の参画は必須要件です。



補助対象になる経費とならない経費は何ですか?


対象となるのは、物流情報標準ガイドラインに準拠したシステム導入・改修、クラウドサービスの利用料、共同物流運賃、共同倉庫利用料など、JMACが認めた費用です。一方、汎用性のあるパソコン・スマートフォンの購入費、事務所家賃、車両購入費、税務申告費用、公租公課、各種保険料、飲食・接待費などは対象外です。詳細は交付規程別表第2に記載されています。



物流情報標準ガイドラインへの準拠とは具体的にどうすればいいですか?


物流業務プロセス標準で定められた4つのプロセス(共同運送・共同保管・検品レス・バース予約)から1つ以上を任意で選び、自社の業務プロセスを合致させることが求められます。また、名称やコード値もガイドラインに記載されたとおりに対応する必要があります。ガイドラインは内閣府SIPで策定されたもので、物流情報標準ガイドライン利用手引きが国土交通省サイトで公開されています。



交付決定前に発注した費用は補助対象になりますか?


交付決定日より前に発注・契約した費用は補助対象になりません。本補助金に係る契約・発注は、必ず交付決定日以降に行う必要があります。事業実施期間は交付決定日から令和9年2月19日(金)までで、実施期間内に支払いを終え、令和9年2月26日(金)の実績報告までにすべての証憑が整っている経費のみが申請可能です。



見積書は何社分必要ですか?


申請時には原則3社以上の相見積書が必要です。一般競争が困難または不適当な場合(随意契約とする場合)は理由書の提出が必要になります。また、事業実施段階でも、100万円以上の売買・請負・委託契約については、原則として3社以上の相見積もりから最低価格を提示した事業者を選定する必要があります。



補助金はいつ支払われますか?


補助金の支払いは精算払(後払い)で、事業完了後の実績報告と額確定を経てから振り込まれます。2次公募のスケジュールでは、令和9年2月19日(金)までに事業を完了させ、2月26日(金)までに実績報告書を提出、3月中旬に額確定通知、3月下旬に補助金振込みという流れです。補助金は代表補助対象事業者の口座に一括で振り込まれます。



自社製品や関係会社からの調達も補助対象になりますか?


補助対象にはなりますが、利益排除が必要です。申請者自身または100%同一資本のグループ企業・関連会社からの調達は、原価(人件費や当該調達品の製造原価など)をもって補助対象経費に計上します。取引価格が製造原価以内であることを証明できれば取引価格を使用できますが、証明できない場合は決算報告の売上総利益率または営業利益率で利益相当分を控除する必要があります。



申請前に説明会や相談を受けることはできますか?


JMAC事務局は申請を検討している事業者向けに説明会を実施しており、説明会の動画も事務局ホームページ(https://meet.jmac.co.jp/datarenkei-r8)で公開される予定です。また、申請書類の記載内容についてはメール(datarenkei-jigyo2026@jmac.co.jp)で個別相談も可能です。件名の冒頭に「【物流データ連携問合せ】」と付記して問い合わせてください。



まとめ|共同輸配送を実現するならデータ連携促進支援事業の活用を

データ連携促進支援事業は、荷主企業2社以上を含む協議会が、物流情報標準ガイドラインに準拠して共同輸配送・帰り荷確保・輸送経路の最適化に取り組む事業を支援する国交省の補助金です。1協議会あたり最大4,000万円(補助率1/2以内)という手厚い支援が受けられ、システム開発費や共同倉庫料など幅広い経費を対象にできます。

2026年4月に改正物流効率化法が本格施行され、特定荷主にはCLO選任や中長期計画策定が義務化された現在、荷主・物流事業者が協力してデータ連携に取り組む土壌はかつてないほど整っています。2次公募は令和8年7月31日(金)17時が締切と時間が限られています。協議会の組成・見積の準備・実施計画の策定にはまとまった時間がかかるため、興味のある事業者は早めに事務局へ相談し、説明会動画で最新情報を確認したうえで申請準備を進めましょう。

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