帝国データバンクの「全国『後継者不在率』動向調査（2025年）」によると、日本企業の後継者不在率は50.1％となり、前年から2.0ポイント低下して7年連続の改善となりました。官民の相談窓口や支援メニューの拡充が進み、M&Aによる第三者承継は、いまや中小企業にとって現実的な選択肢です。
しかし、会社や事業を譲り受けたあとに待っているのが「統合作業」です。人事制度も会計処理も取引条件もバラバラな2社を、ひとつの経営体としてまとめ上げる――これがPMI（Post Merger Integration＝M&A成立後の経営統合）です。ここでつまずけば、期待したシナジーは絵に描いた餅で終わります。
とはいえ、社労士や会計士、コンサルタントに統合支援を依頼すれば当然ながら費用がかかります。「買収資金で手一杯で、統合にまで予算を回せない」と感じている経営者の方も多いのではないでしょうか。
そこで活用したいのが、中小企業庁の事業承継・M&A補助金 PMI推進枠【PMI専門家活用類型】です。16次公募の公募要領は2026年9月4日に開示され、申請受付は2026年10月2日（金）〜11月6日（金）17:00。この記事では、補助率・上限額・対象経費・申請要件・加点事由・スケジュールまでを、補助金ポータルが整理して解説します。
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この記事の目次
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M&A後のPMIでつまずく中小企業が多いのはなぜですか？
統合を先送りすると何が起きるか
買収そのものが目的化してしまい、統合の計画も体制もないまま日常業務に戻ってしまうケースは、中小企業のM&Aでは珍しくありません。しかし、譲り受けた会社の就業規則が自社と食い違っていれば労務トラブルの火種になります。会計処理の方針が異なればグループ全体の業績が把握できません。仕入先が重複していても、統合しなければコスト削減にはつながりません。
中小企業庁は2022年3月に「中小PMIガイドライン」を公表し、統合を「経営統合」「事業統合（事業機能・管理機能）」の領域に分けて進めることを推奨しています。裏を返せば、それだけ整理すべき論点が多いということです。
後継者不在率の改善はM&Aの増加を意味する
帝国データバンクの2025年調査では、全国の後継者不在率は50.1％と7年連続で改善しました。ただし規模別に見ると、大企業が24.9％だったのに対し中小企業は51.2％、小規模企業は57.3％と依然として高い水準です。改善幅も、大企業が5.5ポイント低下したのに対し中小企業は3.7ポイント、小規模企業は2.9ポイントにとどまり、規模が小さいほど後継者対策が進んでいない実態が示されています。
第三者承継が広がるほど、統合をやり切れるかどうかが企業の実力差として表れます。PMIへの投資は、M&Aを「成果」に変えるための最後のピースです。
PMI専門家活用類型とは何ですか？補助率と補助上限額
補助率・補助上限額・補助下限額はいくらですか？
補助率は補助対象経費の2分の1以内です。注意したいのが補助下限額50万円で、交付申請時の補助額が50万円を下回る申請（＝補助対象経費が100万円未満の申請）は受け付けられません。
| 申請パターン | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | 廃業費の併用 |
|---|---|---|---|---|
| PMI専門家活用類型（単独申請） | 補助対象経費の1/2以内 | 50万円 | 150万円 | ＋300万円 |
| PMI専門家活用類型（同時申請） | 補助対象経費の1/2以内 | 50万円 | 150万円 | ― |
単独申請で廃業費を併用する場合、合計で最大450万円の補助を受けられます。廃業費の補助率は事業費と同じ2分の1以内で、少なくとも1つの事業所または事業の廃業・廃止を伴うことが条件です。
なお補助金は事業完了後の精算払い（実費弁済）です。採択されてもすぐに振り込まれるわけではなく、いったんは自社で全額を支払う必要があります。
単独申請と同時申請は何が違いますか？
単独申請は、すでにM&Aで経営資源を譲り受けた企業がPMI費用だけを申請するパターンです。公募申請期日の時点で、M&Aのクロージング日から3年以内である取組が対象になります。公募申請時に基本合意書等、交付申請時に最終契約書の提出が必要です。
同時申請は、これからM&Aを実行する企業が、専門家活用枠（買い手支援類型Ⅰ型）と同じ公募回でPMI費用もあわせて申請するパターンです。仲介手数料やFA費用は専門家活用枠、統合費用はPMI推進枠という住み分けになります。
PMI推進枠の「事業統合投資類型」とは何が違いますか？
PMI推進枠にはもう一つ「事業統合投資類型」があり、公募要領も別に用意されています。違いは補助の対象です。
| 類型 | 補助対象 | 補助上限額 |
|---|---|---|
| PMI専門家活用類型 | 専門家への委託費・謝金・旅費 | 150万円 |
| 事業統合投資類型 | 統合に伴う設備投資・システム導入費用等 | 800万円（賃上げ要件充足で1,000万円） |
たとえば「基幹システムの統合方針をITコンサルタントに設計してもらう費用」は専門家活用類型、「実際にシステムを導入する費用」は事業統合投資類型で検討することになります。両類型には統合プロセス上の前後関係があり、過去の公募回では同一公募回での同時申請が認められていませんでした。自社のPMI実行状況に応じてどちらで申請するかを、16次公募要領で確認のうえ決めてください。
PMI専門家活用類型の対象者とM&Aの要件は何ですか？
対象となる中小企業者等の定義
| 業種分類 | 資本金の額または出資の総額 | 常時使用する従業員数 |
|---|---|---|
| 製造業その他 | 3億円以下 | 300人以下 |
| 卸売業 | 1億円以下 | 100人以下 |
| 小売業 | 5,000万円以下 | 50人以下 |
| サービス業 | 5,000万円以下 | 100人以下 |
いずれかの基準を満たせば対象ですが、資本金5億円以上の法人に100％株式を保有される法人、直近3年の課税所得の年平均額が15億円を超える企業、みなし大企業に該当する企業は除かれます。また社会福祉法人・医療法人・一般社団財団法人・学校法人・各種組合なども対象外です。
補助対象にならないM&Aはどんなケースですか？
実質的な事業再編・事業統合が行われていないと事務局が判断した場合、補助対象外となります。M&Aの「形」だけを整えても認められません。
- グループ内の事業再編に相当する場合
- 物品・不動産等のみの売買に相当する場合
- 親族間の事業承継に相当する場合
- 事業再編・事業統合の後に承継者が保有する議決権が過半数にならない場合
- 譲渡価格が0円、株価1円など取引価格の合理性が確認できない場合
- 事業譲渡で設備・従業員・顧客といった有機的一体の経営資源が引き継がれていない場合
- 休眠会社や事業実態のない会社のM&A
補助対象になるPMIの経費は何ですか？委託費・謝金・旅費の具体例
委託費として認められる支援内容
| 支援内容 | 主な委託先 |
|---|---|
| 統合計画・100日プランの策定 | PMI専門家 |
| PMO支援（行動計画の管理、進捗レポート、会議運営） | PMI専門家 |
| 中期経営計画・事業計画の修正 | 中小企業診断士、経営コンサルタント |
| 商号・事業目的・役員等の定款・登記変更 | 司法書士 |
| 就業規則、人事評価、給与体系、退職金規定の見直し | 社会保険労務士、人事コンサルタント |
| 会計処理方針の統一、連結決算対応、PPA（取得原価配分） | 公認会計士、税理士 |
| 各種契約の承継フォロー、TSA締結 | 弁護士 |
| ITシステム統合の計画策定 | ITコンサルタント |
補助対象にならない費用は何ですか？
M&Aの成約に向けた費用は、この類型では対象になりません。ここを取り違えると経費が丸ごと否認されるため、事前の切り分けが重要です。
- FA業務・仲介業務の手数料、デュー・ディリジェンス（DD）費用（→専門家活用枠で申請）
- PMIに係る設備投資・システム導入費用（→事業統合投資類型で申請）
- 説明会の開催、個別面談、取引先への説明など信頼関係構築に関わる支援
- 顧問契約の範囲内での対応など、PMIに係る費用と特定できないもの
- 本補助金の申請書類作成代行費用、行政書士への委任費用
相見積もりと支払方法のルール
経費のルールで見落としやすいのが相見積です。原則として1件50万円以上（税抜）は2者以上からの見積取得が必須ですが、委託費については1件50万円未満でも原則として相見積が必要です。
支払方法も限定されており、補助事業者名義の口座からの銀行振込またはクレジットカード1回払いのみが認められます。現金払い、手形・小切手、仮想通貨、PayPay・Suica等のキャッシュレス決済は対象外です。
16次公募のスケジュールと申請方法はどうなっていますか？
16次公募のスケジュール
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 情報開示日 | 2026年9月4日（金）公募要領を開示 |
| 申請受付期間 | 2026年10月2日（金）〜11月6日（金）17:00 |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） |
| 交付申請受付期間 | 2027年1月上旬〜2027年11月中旬（予定） |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） |
| 補助事業期間 | 2027年1月下旬（予定）から14か月以内 |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） |
| 申請方法 | Jグランツによる電子申請のみ（GビズIDプライムが必要） |
| 事業化状況報告 | 補助事業完了後3年間、各事業年度終了後90日以内 |
16次公募の説明会は、申込受付が2026年9月9日（水）〜10月7日（水）17:00、開催が2026年10月9日（金）14:00〜のオンライン形式（Microsoft Teamsタウンホール）で予定されています。PMI推進枠の問い合わせ窓口は050-3192-6228、受付時間は平日9:30〜12:00、13:00〜17:00です。
準備で最優先すべきはGビズIDと着手タイミング
申請にはGビズIDプライムアカウントが必須です。発行までに1〜2週間、混雑時は3週間程度かかるため、未取得の場合は真っ先に手続きを進めてください。取得には印鑑証明書（発行から3か月以内）の原本と、法人代表者印を押印した申請書が必要です。
審査で加点されるのはどんな企業ですか？11の加点事由
加点事由の一覧
| 加点事由 | 必要書類の例 |
|---|---|
| 中小企業の会計に関する基本要領・指針の適用 | 顧問会計専門家印のあるチェックリスト |
| 経営力向上計画・経営革新計画・先端設備等導入計画の認定等 | 認定書・承認書および申請書類 |
| 地域未来牽引企業 | 選定証 |
| 小規模事業者等に該当 | 法人事業概況説明書または青色申告決算書 |
| （連携）事業継続力強化計画の認定 | 認定書および申請書類 |
| ワーク・ライフ・バランス等の推進（えるぼし・くるみん等） | 基準適合一般事業主認定通知書の写し |
| 健康経営優良法人 | 認定証 |
| サイバーセキュリティお助け隊サービスの利用 | 申込書・請求書等 |
| 賃上げ（1人当たり給与支給総額2％以上）の表明 | 賃金引上げ計画の誓約書、従業員への表明書 |
| DDを実施済み | DDレポート、業務委託契約書 |
| 米国の追加関税措置による影響 | 影響内容の記載 |
DD実施の加点は相見積の免除にもつながる
DD実施の加点は、実務上のメリットも大きい項目です。DDを担当した専門家がそのままPMIも支援する場合は、相見積が不要になります（DDレポートの写し、業務委託契約書、PMIの提案書の添付が必要）。
対象会社を最もよく知る専門家に継続して支援を依頼できるうえ、加点も取れて相見積の手間も省ける――買い手支援類型でDDを実施した企業にとっては、そのままPMI推進枠へつなげる合理性が高い設計になっています。
賃上げ加点は未達ペナルティに注意
賃上げ加点は取り扱いに注意が必要です。加点を受けて採択されたにもかかわらず要件を達成できなかった場合、事業化状況報告で未達が報告されてから18か月間、中小企業庁が所管する補助金への申請で大幅に減点されます。M&A後は人件費構造が大きく変わるため、統合後の人員計画を織り込んだうえで判断してください。
PMI推進枠の採択実績
2026年5月15日に公表された14次公募の採択結果では、PMI推進枠は申請43件・採択27件、採択率は約62.8％でした。全体の採択率（約60.7％）をやや上回っています。ただし申請件数は4枠のなかで少なく、統合フェーズまで補助金を活用できている企業はまだ限られているのが実情です。
PMI専門家活用類型についてよくある質問にQ&A形式でお答えします
PMI専門家活用類型の補助上限額はいくらですか？
補助率は補助対象経費の2分の1以内、補助上限額は150万円です。補助下限額は50万円で、交付申請時の補助額が50万円を下回る申請（補助対象経費が100万円未満の申請）は受け付けられません。単独申請で廃業費を併用する場合は300万円が上乗せされ、合計で最大450万円となります。
16次公募の申請締切はいつですか？
16次公募の申請受付期間は2026年10月2日（金）から2026年11月6日（金）17:00までです。締切を過ぎた申請は一切受け付けられません。申請にはGビズIDプライムアカウントが必須で、発行までに1〜2週間、混雑時は3週間程度かかります。未取得の場合は最優先で手続きを進めてください。
個人事業主でもPMI専門家活用類型に申請できますか？
申請できます。ただし事業譲渡による承継に限られ、「個人事業の開業届出書」と「所得税の青色申告承認申請書」を税務署に提出した日から5年が経過していることが条件です。申請時には住民票、直近3期分の確定申告書B第一表・第二表と所得税青色申告決算書、開業届および青色申告承認申請書の写しの提出が必要です。
親族内の事業承継でもPMI推進枠は使えますか？
使えません。親族間の事業承継に相当する場合は、承継者と被承継者による実質的な事業再編・事業統合が行われたとみなされず、補助対象外となります。グループ内の事業再編、同族関係者間の取引、支配関係のある法人間の取引も同様に対象外です。親族内承継で設備投資等を支援してほしい場合は、事業承継促進枠の活用を検討してください。
M&Aの仲介手数料やDD費用も補助対象になりますか？
なりません。FA業務・仲介業務に係る相談料、着手金、基本合意時報酬、成功報酬、価値算定費用、デュー・ディリジェンス費用は、PMI推進枠ではなく専門家活用枠での申請対象です。PMI専門家活用類型で補助されるのは、M&A成立後の統合作業を支援する専門家への費用に限られます。なお、DDを実施していること自体はPMI推進枠の加点事由となります。
PMIを依頼する専門家に資格要件はありますか？
PMIを実施する専門家は、金融機関（関連会社を含む）または弁護士、会計士、税理士、中小企業診断士、経営コンサルタント等であることが要件です。PMI支援の実績の有無は問われません。ただし不正等が発覚した場合には、所属先名称に加えて専門家の個人名が公表されます。
交付決定前に専門家と契約してしまった費用は補助されますか？
補助されません。補助対象になるのは、交付決定日以降かつ補助事業期間内に契約・発注し、支払いまで同期間内に完了した経費です。補助事業期間の開始前に契約を締結しておき、覚書等で最終契約日を期間内に延長する行為も、原則として補助事業期間内の最終契約とはみなされません。見積の取得のみは補助事業期間開始前でも問題ありません。
委託費は必ず相見積を取る必要がありますか？
委託費は1件50万円未満の場合でも原則として2者以上からの相見積が必要で、最低価格を提示した者を選定します。例外は2つで、対象M&AでDDを実施しDDレポートを提出した専門家がそのままPMIを支援する場合と、選定先以外の2者以上に見積を依頼して全て断られた場合です。いずれも証明書類の添付が必須で、それ以外の選定理由は認められません。
同時申請でM&Aが成立しなかった場合はどうなりますか？
専門家活用枠で申請したM&Aが補助事業期間内にクロージングしなかった場合、PMI推進枠の補助事業要件を満たさないと判断され、PMI費用は補助対象外となります。ここでのクロージングとは、最終契約書に基づくM&A取引が実行され、株式や事業等の引渡しと譲渡代金の支払手続により経営権や所有権等の移転が完了することを指します。
M&Aから何年経過するとPMI推進枠は使えなくなりますか？
単独申請の場合、公募申請の受付終了日の時点でM&Aのクロージング日から3年以内に実施する取組であることが要件です。3年を超えたM&Aに関する統合支援は補助対象外となります。また交付申請時点で、承継者と被承継者の間でM&Aの最終契約が締結されている必要があります。
補助金はいつ振り込まれますか？また課税対象になりますか？
補助金は補助事業の完了後に実績報告を行い、事務局が事業内容の検査と経費内容の確認を経て金額を確定したうえで精算払いとなります。16次公募では補助金交付手続きが2027年10月上旬以降の予定です。事業実施中は自社で費用を立て替える必要があるため、資金繰りが不安な場合は早めに金融機関へつなぎ融資を相談してください。なお補助金は経理上、交付を受けた事業年度の収益として計上するもので、法人税等の課税対象となります。
まとめ｜PMI専門家活用類型16次公募で次に何をすべきですか？
事業承継・M&A補助金 PMI推進枠【PMI専門家活用類型】は、M&A後の統合作業を専門家に依頼する費用の2分の1以内・最大150万円を補助する制度です。単独申請で廃業費を併用すれば、最大450万円まで支援を受けられます。
16次公募の申請受付は2026年10月2日（金）〜11月6日（金）17:00。単独申請はクロージングから3年以内という期限があるため、過去のM&Aで統合が手つかずのまま残っている場合は、まず期限内かどうかを確認してください。
① 補助率1/2以内・上限150万円・下限50万円（補助対象経費100万円以上）／廃業費併用で最大450万円
② 単独申請はクロージングから3年以内、同時申請は専門家活用枠 買い手支援類型とセット（未成約なら対象外）
③ 対象は謝金・旅費・委託費。仲介手数料やDD費用、設備投資は対象外で、交付決定日以降の契約のみが補助対象
M&Aは「買って終わり」ではありません。統合の設計に外部の知見を入れられるかどうかが、その後の収益力を大きく左右します。申請を検討する場合は、公募要領で自社のM&Aが要件を満たすかを確認しつつ、専門家への相見積とGビズIDの取得を並行して進めましょう。
申請を検討される方は、まず補助金ポータルの無料相談で、単独申請と同時申請のどちらが適しているか、補助下限額に届く経費構成になっているかをご確認ください。
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