「輸入原料の価格が上がり続けて採算が合わない」「国産原料を使いたいが、産地との安定的な取引ルートが作れない」——そう悩む食品製造事業者にとって、いま注目すべき補助金が公募中です。
農林水産省の令和7年度補正予算「産地連携支援緊急対策事業」は、食品製造事業者が産地と直接連携し、国産原料の取扱量を増加させる取組を補助率1/2・最大2億円（産地支援を含む場合は最大3億円）で支援する大型補助金です。収穫機・選別機の産地への貸与から、製造ラインの改造・増設、新商品開発まで幅広い経費が対象となります。
第1次公募は令和8年3月26日（木）〜4月28日（火）17:00（厳守）、第2次公募は令和8年6月1日（月）〜6月30日（火）17:00と、いずれも締切が厳守です。予算額を超過した場合は期間内でも募集が終了する可能性があるため、早期の準備が欠かせません。
本記事では、公募要領（令和8年3月15日制定）をもとに、対象事業者・取組内容・補助対象経費・加点項目・申請手順まで詳しく解説します。
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この記事の目次
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産地連携支援緊急対策事業とは
産地連携支援緊急対策事業は、食品製造事業者等が産地と直接連携し、国産食品原材料の取扱量を令和8年度を基準として令和11年度までに継続して10%以上増加させることを目標とした農林水産省の補助事業です。
近年、食品企業では消費者ニーズや調達リスク回避の観点から国産原材料を志向する傾向が高まっています。一方、国内の農林水産業は高齢化や担い手不足、気候変動による生産の不安定化などの課題を抱えています。本事業はこうした課題を解決し、過度な輸入依存からの脱却と食料システムの強靱化を実現することを目的としています。
支援の対象となる取組は、以下の2種類です。
取組B：産地との連携による国産食品原材料の取扱量増加の取組 製造ラインの変更・増設、新商品開発に伴う機器導入、包装資材の更新など
応募前に必ず確認すべき2つの前提要件
本事業への応募申請にあたっては、以下の2つの要件をいずれも満たしていることが必要です。申請の可否を左右する重要な前提条件ですので、必ず事前に確認してください。
① 食料システム法（令和5年法律第59号）第6条第1項に規定する安定取引関係確立事業活動計画を作成し、農林水産大臣に提出・認定を受けている、または認定を受ける見込みであること
② 産地連携フォーラムへ参画していること
これらの要件を満たしていない場合は、申請前に事務局へご確認ください。
対象となる事業者の要件
本事業の対象となる事業実施者は、「産地と連携した国産原材料調達計画を策定する者」であって、以下のいずれかに該当する者です。- 食品の加工・製造を行っている事業者またはこれらが組織する団体（経営体としての業種区分にかかわらず、食品製造を行っているか否かで判断）
- 上記に該当する事業者とともに事業を実施しようとする者
申請できる法人・団体の種別は、農林漁業者の組織する団体、商工業者の組織する団体、民間事業者、公益社団法人・公益財団法人、一般社団法人・一般財団法人、第三セクター、特定非営利活動法人、企業組合、事業協同組合、事業協同組合連合会、公社または特認団体です。
なお、役員等が暴力団員でないことも要件となります。また、100%同一の資本に属するグループ企業や関係会社が申請する場合は、実施する事業の重複を排除した上で申請していることが確認されます。
取組Aの内容：産地を支援する取組
取組Aは、食品製造事業者等が産地に対して行う支援の取組です。以下の5種類（またはこれらに類する取組）が対象となります。
| 取組 | 内容 |
|---|---|
| ① 種苗の提供 | 求める品種を産地に生産してもらうための産地への種苗の提供 |
| ② 収穫機械の貸与 | 産地に引き受け量拡大に対応してもらうための産地への収穫機械費用 |
| ③ 選別機の貸与 | 産地に加工ニーズに合致した食品原材料を出荷してもらうための産地への選別機費用等 |
| ④ 生産作業補助・栽培技術指導 | 産地に加工ニーズに沿った良質・多量な食品原材料生産をしてもらうための、社員等を産地へ派遣した生産作業補助または専門家・篤農家を産地へ派遣した栽培技術等指導 |
| ⑤ 保管設備の設置 | 本事業に関係する産地側の建屋内に設置され、産地連携計画等に記載された農林水産物の保管に用いるための、当該建屋と一体でない設備の設置 |
取組Bの内容：国産食品原材料取扱量増加の取組
取組Bは、産地との連携による国産原材料の取扱量増加に伴う機械設備等の導入・新商品等の開発・製造等の取組です。
| 取組 | 内容 |
|---|---|
| ⑥ 新商品開発に伴う機器導入 | 新商品の製造に必要な機器の導入費用（設置費用等含む） |
| ⑦ 製造ラインの変更・増設・機器導入 | 国産原材料取扱量増加に必要な製造ライン上の機器の変更（既存機器の改造を含む）・増設および機器の導入費用 |
| ⑧ 包装資材の更新費用 | 食品表示変更に伴う包装資材の更新に必要なデザイン作成・初期費用・新デザイン包装資材費用。廃棄される旧包装資材の相当分（量）または新デザイン包装資材2か月分のいずれか低い方が上限。旧包装資材の廃棄費用は対象外 |
| ⑨ 試作品製造時の機械費用 | 開発ラボでの試作品製造に必要な機械費用 |
| ⑩ 試作品製造時の原材料費用 | 開発ラボでの原材料費用（製造工場での試作時を含む）。試作・開発で使用したもののみが対象。販売するものに係る原材料費は対象外 |
なお、取組Bでいう「新商品等」は、業務用・民生用・PB品・NB品を問わず、原材料取扱量増加に伴い新しく販売する「新発売」の商品を指します。機器の導入にあたっては、既存の機器よりも機能を高めた機器への置き換えが原則です。耐用年数の過ぎた機器の単なる入れ替えは、真に必要な機器であっても認められません。
補助率・補助上限額
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 補助率 | 1/2以内 |
| 補助金上限（原則） | 1件あたり2億円 |
| 補助金上限（取組Aを含む場合） | 1件あたり3億円（ただし取組B部分の上限は2億円） |
| 補助金下限 | 100万円 |
取組Aを含めることで補助上限が3億円に引き上げられますが、取組B単独での補助上限は2億円です。取組AとBを組み合わせて申請する場合も、取組B部分の上限は2億円となる点に注意してください。
補助対象経費の詳細と注意点
取組A（産地支援）の主な対象経費
| 経費区分 | 主な内容・条件 |
|---|---|
| 機械・設備費 | 産地で使用する機械・設備の購入・製作費。1件あたり取得価格50万円以上のものに限る。既存設備の改良・改修等は対象外 |
| 消耗品費 | 産地で使用する消耗品。原則1件5万円未満。種苗の購入は例外として認められる |
| 備品費 | 産地で使用する備品。1件あたり5万円以上50万円未満のものが対象 |
| 謝金 | 栽培技術等指導のための専門家・篤農家等に支払う経費。複数の見積が必要 |
| 旅費 | 専門家・篤農家の旅費または産地への生産作業補助のための社員派遣旅費。産地との往復に限る |
| 外注費 | 栽培技術等指導やGAP等生産工程管理の認証取得を外注する場合の経費 |
取組B（食品製造事業者の取組）の主な対象経費
| 経費区分 | 主な内容・条件 |
|---|---|
| 機械装置・システム構築費 | 専ら補助事業のために使用される機械装置・工具・器具・専用ソフトウェア等の購入・構築費。中古設備は3者以上からの相見積もりで価格妥当性が証明できる場合に限り対象 |
| 技術導入費 | 知的財産権等の導入に要する経費。書面による契約の締結が必要 |
| 専門家経費 | コンサルティング業務等の専門家に支払う経費。複数の見積が必要 |
| 運搬費 | 運搬料・宅配料等（機械装置の運搬料は機械装置費に含める） |
| 調査費 | 新商品開発時のマーケット等の調査費用 |
| 外注費 | 加工・設計・検査等の一部を外注する場合の経費 |
| 包装資材費 | 食品表示変更に伴う包装資材更新費（旧包装資材廃棄相当分または新包装資材2か月分のいずれか低い方が上限） |
| 原材料費 | 新商品開発に係る試作品の食品原材料のみ。販売するものの原材料費は対象外 |
補助対象外となる主な経費
- 広告宣伝・販売促進に係る一切の経費（パンフレット・動画・写真等の作成・媒体掲載・展示会出展・セミナー開催・PR等を含む）
- 酒類の醸造及び蒸留設備に係る費用
- 土地・圃場借料、建物・構築物・車両等の購入費
- 導入した機械・設備の維持・管理・修理・廃棄費用、リース・レンタル料
- 電気代・燃料費、通信費、光熱水費、各種保険料
- 堆肥・肥料・飼料等の購入・運搬・保管に係る経費
- 汎用性があり目的外使用になり得るもの（事務用PC・プリンタ・タブレット・集塵機・コンプレッサー等）
- フランチャイズ加盟料、収入印紙、振込手数料
- 事業に係る自社の人件費・旅費（産地への生産作業補助のための旅費は除く）
- 価格設定の適正性が明確でない中古品（3者以上の相見積もりがある場合を除く）
また、補助対象経費は原則として交付決定日以降に契約（発注）を行い、補助事業実施期間内に支払いまで完了したものが対象です。支払いは銀行振込による実績で確認されます（手形払等は対象外）。
審査の評価基準と加点項目
審査は書面審査を基本とし、外部の公募選考委員会が評価します。採択に向けて、特に加点項目の活用が重要です。
基本評価事項（取組A・B共通）
| 評価項目 | 主な確認内容 |
|---|---|
| ア 補助要件の充足 | 補助要件が満たされているか。産地と連携した国産原材料調達計画が記載されているか |
| イ 事業の目的・市場ニーズとの親和性 | 本事業の目的と市場ニーズに親和性がある取組か。具体的な産地連携強化の取組・商品の市場規模・ニーズ・ユーザー分析の実施等 |
| ウ 事業実施者の適格性 | 組織・人員・財政基盤において適格性を有しているか。直近3年分の財務諸表が確認される |
| エ 事業の効果・効率性 | 事業実施の確実性を有し、事業の効果・効率性が高いか。費用対効果の具体的な説明が求められる |
加点項目（7項目）
以下の加点項目に該当する場合は、審査において有利になります。申請書類に具体的な内容を記載してください。
| 加点項目 | 内容 |
|---|---|
| ア 産地を支援する取組 | 取組Aに該当するか（取組Aを含む申請は加点対象） |
| イ 安定的な契約の仕組みの構築 | 農林漁業者との契約栽培・全量買い取り・規格外商品の購入契約等、生産者との安定的な契約の仕組みが構築されているか。また、製品の販路確保に具体的な根拠のある計画があるか |
| ウ 品質の維持・向上 | 原材料の品質の維持・向上に関する改善を含む取組か |
| エ 一次加工業者の取組 | 食品の一次加工（製粉・野菜のカット・洗浄・食肉の部分肉加工等）を行う業者の取組か |
| オ 新商品の新規性 | 国産食品原材料の取扱量増による新商品の開発に新規性があるか |
| カ スマート農業技術活用 | スマート農業技術の活用の促進に関する法律（令和6年法律第63号）第7条第1項に規定する生産方式革新実施計画の認定を受けているか（認定見込みも可） |
| キ パートナーシップ構築宣言 | 「パートナーシップ構築宣言」ポータルサイトにおいて宣言を公表しているか（宣言済みの場合はポータルサイトのスクリーンショットを添付） |
- 取組Aを含める：産地支援（取組A）を含む申請は、補助上限が3億円に引き上げられるうえ、加点項目アにも該当します
- 契約栽培・全量買い取り契約を整備する：加点項目イに直結。採択後に公表される事業内容として産地との具体的な契約内容の記載が求められます
- 一次加工業者であれば積極的にアピールする：製粉・カット野菜・食肉の部分肉加工等を手がける事業者は加点対象。本事業の趣旨に合致します
申請方法・必要書類・公募スケジュール
申請の流れ（3ステップ）
| ステップ | 内容 |
|---|---|
| ① 応募事業者登録 | 公募サイト（https://reg.lapita.jp/public/seminar/view/9460）より応募事業者登録へ進み、必要事項を記入して登録。登録後、申請責任者あてにログインIDとパスワードが届く。登録だけでは申請完了とならない点に注意 |
| ② 実施計画書等の作成 | 公募サイトから申請に必要な様式一式をダウンロードし、必要事項を記入。様式上の項目は削除・変更せず既存の項目に沿って作成する |
| ③ 申請用ページから提出 | 応募事業者登録時に案内のあった申請用ページへログインし、実施計画書等とその他添付資料を提出。申請はオンラインのみ。メール・FAX・郵送・持参は受け付けない |
必要提出書類一覧
- 事業実施計画書（別記様式第2号）
- 事業費一覧表（別記様式第2号_別添2）※補助対象経費に関する3者見積等の補足書類も添付
- 事業の成果目標_原料別（別記様式第2号_別添3）※原料品目ごとに増加させる国産原材料取扱量を記載
- 決算書（直近3年間の貸借対照表・損益計算書・製造原価報告書・販売管理費明細書）
- 定款
- 特認団体承認申請書（別記様式第1号）※特認団体の場合のみ
公募スケジュール
| 公募回 | 公募期間 |
|---|---|
| 第1次公募 | 令和8年3月26日（木）〜同年4月28日（火）17:00（厳守） |
| 第2次公募 | 令和8年6月1日（月）〜同年6月30日（火）17:00（厳守） |
| 第3回以降 | 第1次・第2次の採択状況を踏まえた予算状況によって開催の有無を検討 |
| 事業実施期間の終了 | 交付決定日〜令和9年2月16日（火）（厳守） |
| 実績報告書の提出 | 事業完了の日から起算して1か月を経過した日または令和9年2月16日のいずれか早い日まで |
交付決定前着手の注意点
補助対象経費は原則として交付決定日以降に契約（発注）したものが対象です。重要なポイントをまとめます。
- 採択通知より前の契約・発注：いかなる理由があっても補助対象外（絶対）
- 採択通知受領日以降〜交付決定前：事務局へ「交付決定前着手届出（別記様式第7号）」を提出し、事前着手の承認を受けた場合に限り補助対象とすることが可能
- 交付決定日以降：通常の補助対象経費として処理可能
こんな事業者におすすめ
小麦・大豆・砂糖など輸入依存度の高い原材料を国産に切り替えたいが、産地との安定調達ルートがまだ確立できていない事業者。製造ライン改造や新商品開発費用を補助率1/2で支援してもらえます。
✅ 産地（農家・生産者）を直接支援したい食品メーカー
契約農家や取引産地に対して、収穫機械・選別機の貸与、種苗の提供、栽培技術指導などを行い、原材料の品質・量を安定させたい事業者。取組Aを含む場合は補助上限が最大3億円に拡大されます。
✅ 国産原料ブランドの商品を新たに立ち上げたい事業者
「国産小麦パン」「地元野菜を使った惣菜」「国産果実ジュース」など、産地と連携した付加価値商品を開発・販売したい事業者。試作品製造にかかる機械費・原材料費、食品表示変更に伴う包装資材の更新費用も対象です。
✅ 一次加工業者（製粉・野菜カット・食肉部分肉など）
農林水産物の一次加工（製粉、野菜のカット・洗浄、食肉の部分肉加工など）を行う事業者は審査で加点されます。サプライチェーンの上流に位置する事業者ほど本事業の趣旨に合致します。
✅ 農林漁業者の組織する団体・事業協同組合
農協・漁協・食品加工業者の協同組合など、複数の生産者や食品製造事業者が連携して申請することも可能です。
産地連携支援緊急対策事業に関するよくある質問
新商品のPRや広告宣伝費は補助対象になりますか？
なりません。パンフレット・動画・写真等の作成、媒体掲載、展示会出展（国内・海外を問わない）、セミナー開催、営業代行、マーケティングツール活用、PR等に関する経費は、広告宣伝・販売促進費として一切補助対象外となっています。新商品開発に伴う機器導入費・試作品製造費・包装資材の更新費は対象ですが、PRや広告にかかる費用は対象外である点にご注意ください。
補助金の上限が「2億円」と「3億円」になる条件の違いは？
補助上限は原則1件あたり2億円（下限100万円）ですが、取組A（産地を支援する取組：収穫機械・選別機の貸与、種苗提供、保管設備設置、生産作業補助等）を含む場合に限り、上限が3億円に引き上げられます。ただし、取組B（国産食品原材料取扱量増加に伴う機械導入・製造ライン変更・増設等）部分の上限は2億円です。取組AとBを組み合わせて申請する場合でも、取組B部分の上限は2億円となる点にご注意ください。
食品製造を行っていない商社や卸売業者でも申請できますか？
対象事業者の要件は「食品の加工・製造を行っている事業者またはこれらが組織する団体」が基本です。商社や卸売業者は、食品製造を行っている事業者とともに事業を実施する場合に限り、共同申請者として参加できます。単独での申請は認められません。判断は経営体としての業種区分ではなく、食品製造を行っているか否かで行われます。
「国産食品原材料の取扱量10%以上増加」はいつまでに達成すればよいですか？
令和8年度を基準として、令和11年度までに継続して10%以上増加させる計画が必要です。単年度の目標達成ではなく、将来的に継続して取扱量を増加させる計画であることが求められます。また、取扱量は定量的に計画を示せるもののみが対象となります。飼料やペット食等の製品製造のための原材料は対象外です。
取組Aの既存機械・設備の改造・改修費用は補助対象になりますか？
取組A（産地支援）の機械・設備費については、既存機械・設備の改良・改修・改造・再整備は補助対象外です。一方、取組B（食品製造事業者の取組）の機械装置費については、本事業で新規に購入または本事業のために使用される機械装置等の機能を高めることや耐久性を増すための「改良・修繕」は対象となります。ただし、耐用年数の過ぎた機器の単なる入れ替えは認められません。
交付決定前に設備を発注・購入してもよいですか？
採択通知より前の契約・発注は、いかなる理由があっても補助対象外となります。採択通知の受領日以降であれば、事務局へ「交付決定前着手届出（別記様式第7号）」を提出し、承認を受けることで、交付決定前に発生した経費も補助対象とすることができます。ただし、承認が得られなかった場合は補助対象外となるため、早急な着手が必要な場合は採択後すぐに事務局に相談してください。
中古の機械・設備は補助対象になりますか？
一定の条件を満たす場合は補助対象となります。3者以上の中古品流通事業者等から型式や年式が記載された相見積もりを取得している場合など、価格の妥当性を証明できる場合に限り補助対象となります。中古市場において広く流通していない中古機械設備など、価格設定の適正性が明確でないものは対象外です。
複数の事業者で共同申請することはできますか？
できます。食品製造を行っている事業者が代表となり、関係する事業者と連携して共同申請することが可能です。共同申請の場合は、それぞれの事業者の経費内訳、決算書（直近3年間）、定款を個別に提出する必要があります。また、100%同一の資本に属するグループ企業や関係会社が申請する場合は、実施する事業の重複を排除した上で申請していることが確認されます。
審査（加点項目）でパートナーシップ構築宣言は有効ですか？
有効です。「パートナーシップ構築宣言」ポータルサイトにおいて宣言を公表している事業者は、加点項目キに該当します。「はい」の場合、ポータルサイトのスクリーンショットを申請書類に添付してください。まだ宣言していない場合は、早めに宣言を行うことで本事業の審査で有利になります。
補助金はいつ受け取れますか？前払いはありますか？
補助金の支払いは、事業完了後に実績報告書を提出し、事務局が補助金額を確定した後の「精算払い」となります。前払いや概算払いは原則ありません。事業完了から1か月を経過した日または令和9年2月16日のいずれか早い日までに実績報告書を提出する必要があります。設備投資等は一時的に自己資金や借入金で賄う必要がある点にご注意ください。なお、受け取った補助金は法人税等の課税対象となります。
まとめ
農林水産省の産地連携支援緊急対策事業は、食品製造事業者等が産地と直接連携して国産原材料の取扱量増加を目指す取組を、補助率1/2・最大3億円で支援する大型補助金です。重要なポイントを整理すると以下のとおりです。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 補助率・上限 | 1/2、最大2億円（取組A含む場合は3億円）、下限100万円 |
| 第1次公募締切 | 令和8年4月28日（火）17:00厳守 |
| 第2次公募締切 | 令和8年6月30日（火）17:00厳守 |
| 事業実施期間終了 | 令和9年2月16日（火）厳守 |
| 前提要件 | 食料システム法の計画認定（見込み可）・産地連携フォーラムへの参画 |
| 対象外経費（要注意） | 広告宣伝・PR費は一切対象外 |
| 採択前の発注 | 採択通知より前の契約・発注は絶対対象外 |
募集額を超過した場合は期間内でも終了する可能性があります。前提要件の確認と事前準備（産地との連携計画・相見積もり・食料システム法の計画認定申請）を早急に進めましょう。
お問い合わせ先：令和7年度産地連携支援緊急対策事業 事務局
TEL：03-5656-1773（平日10:00〜17:00、土日祝除く）
オンライン問い合わせフォーム：https://sst.form.kintoneapp.com/public/sanchirenkeishien
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