インボイス制度の経過措置はいつまで？いまさら聞けないポイントを解説

令和5年10月から始まったインボイス制度では、多くの事業者が新たな対応を迫られました。「経過措置はいつまで続くのか」、「免税事業者との取引をどう処理すべきか」など、実務面での疑問を抱えているケースも多いかもしれません。

今回はインボイス制度の基本から経過措置の期間、インボイス領収書の作成方法や会計処理を効率化するインボイス計算ツールまで、網羅的に解説します。

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インボイス制度とは

インボイス制度とは、複数税率に対応した仕入税額控除の方式として開始された「適格請求書等保存方式」のことです。事業者が納品の際にインボイス（適格請求書）を発行し、それを保管することで「仕入税額控除」が適用されます。

従来は事業者から受け取る請求書があれば仕入税額控除を受けることができましたが、インボイス制度開始後は、新しい記載事項が含まれた適格請求書がある場合のみに仕入税額控除が適用されるように変更されました。

適格請求書発行事業者（インボイス登録事業者）からの仕入れでなければ、消費税の控除を受けられなくなったので、事業者間の取引関係や税務処理に大きな影響を与えています。

適格請求書発行事業者の義務

「区分記載請求書等保存方式」から「適格請求書等保存方式」への変更に伴い、適格請求書発行事業者から受け取った適格請求書等の保存が、仕入税額控除の要件となりました。

適格請求書発行事業者は、取引相手である課税事業者から求めがあった場合、以下の義務を負います。

• 適格請求書等の交付義務
• 交付した適格請求書の写しの保存義務

ただし、以下の取引については適格請求書の交付義務が免除されます。

• 3万円未満の公共交通機関による旅客の運送
• 卸売市場における生鮮食料品等の販売
• 農業協同組合等への委託による農林水産物の販売
• 3万円未満の自動販売機・自動サービス機による商品販売
• 郵便切手類のみを対価とする郵便・貨物サービス

なお、小売業や飲食店業、タクシー業など不特定多数を対象とする事業については、記載事項を簡易化した「適格簡易請求書」の交付でも問題ありません。

インボイス制度の経過措置

インボイス制度では、事業者の負担軽減を目的に、経過措置が設けられました。経過措置は段階的に縮小される仕組みになっています。

経過措置はいつまで？

令和5年10月～令和11年9月までの経過措置は、以下のとおりです。

期間	控除率
令和5年10月1日～令和8年9月30日	80%
令和8年10月1日～令和11年9月30日	50%
令和11年10月1日以降	0%

2025年9月現在は80%控除の期間中です。令和8年10月からは50%に縮小し、最終的には令和11年10月で経過措置が完全に終了します。

8割控除の対象と適用方法

免税事業者からの仕入れについて経過措置を受けるためには、帳簿に、経過措置の適用を受ける旨を示す以下の記載があることが必要です。

• 相手方の氏名・名称
• 仕入れを行った年月日
• 課税仕入れに係る資産・役務の内容
• 課税仕入れに係る支払対価の額

また請求書等には、以下の記載が必要です。

• 書類の作成者の氏名・名称
• 課税資産の譲渡等を行った年月日
• 課税資産の譲渡等に係る資産・役務の内容
• 税率ごとに合計した課税資産の譲渡等の税込価額
• 書類の交付を受ける当該事業者の氏名・名称

通常の区分記載請求書等と同様の記載事項が求められます。

2割特例と8割控除の違い

インボイス制度を機にインボイス発行事業者となった場合には、経過措置の「8割控除」とは別に、3年間の「2割特例」が設置されています。2割特例とは、納付する消費税額を、売り上げに係る消費税額の2割とすることができる特例です。

主な違いは、以下のとおりです。

	2割特例	8割控除
対象者	免税事業者から課税事業者になった事業者	免税事業者から仕入れる課税事業者
適用期間	令和5年10月1日～令和8年9月30日	令和5年10月1日～令和11年9月30日（段階的に縮小）
メリット	納税額が売上税額の2割で済む	免税事業者からの仕入れでも一定割合控除可能
注意点	基準期間の課税売上高1,000万円以下が条件	帳簿等への別記載が必要

たとえば従来の免税事業者であるA社がインボイス登録を行って課税事業者となった場合、

• 2割特例により納税額を軽減
• 取引先は通常の仕入税額控除が適用

インボイス登録しない免税事業者であるB社の場合

• 取引先は8割控除を適用して一部を控除

となります。

2割特例の適用ができない課税期間

2割特例は、適格請求書発行事業者の令和5年10月1日から令和8年9月30日までの各課税期間において、免税事業者が適格請求書発行事業者となる場合に適用されます。インボイス制度の開始前、令和5年9月30日以前の期間を含む課税期間の申告については、2割特例の適用を受けることはできません。

そのほか、以下の課税期間も2割特例の適用外です。

①過去の売上が一定金額以上ある場合

• 基準期間の課税売上高が1,000万円を超える期間
• 特定期間における課税売上高による納税義務の免除の特例により事業者免税点制度の適用が制限される課税期間
• 相続・合併・分割による納税義務の免除の特例により、事業者免税点制度の適用が制限される期間

②新たに設立された法人が一定規模以上の法人である場合

• 新設法人・特定新規設立法人の納税義務の免除の特例により、事業者免税点制度の適用が制限される期間

➂高額な資産を仕入れた場合

• 課税事業者となった後、2年以内に本則課税で調整対象固定資産の仕入れ等を行い、事業者免税点制度の適用が制限される期間
• 新設法人・特定新規設立法人の特例の適用を受けた期間中、本則課税で調整対象固定資産の仕入れ等を行うことによって事業者免税点制度の適用が制限される期間
• 本則課税で高額特定資産の仕入れ等を行い、事業者免税点制度の適用が制限される期間

④課税期間を短縮している場合

• 課税期間の特例の適用を受ける期間

2割特例を受けようとする場合は、課税期間に注意してください。

2割特例を適用した課税期間後の簡易課税制度の選択

売上げが1,000万円を超えるなどして2割特例を受けられなくなった場合、簡易課税制度の選択により負担を軽減できる可能性があります。

簡易課税制度とは、売上げに関する消費税額を基礎として、事業区分ごとの「みなし仕入率」を使用し、簡易的に仕入れに関する消費税額を算出する制度です。課税売上高が5,000万円以下の事業者が「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出することで適用されます。

なお2割特例の適用を受けた事業者が翌課税期間中に消費税簡易課税制度選択届出書を提出した場合、その課税期間の初日の前日に提出したものとみなされます。

インボイス制度導入過渡期に企業がすべきこと

インボイス制度は全ての事業者に関わる大きな変革であり、特に免税事業者にとっては廃業リスクも指摘されています。課税事業者にとって、免税事業者との取引は実質的な「値上げ」となる一方、免税事業者への消費税分支払い拒否は違法行為となります。

公正取引委員会では、取引条件の見直し自体は問題ないとしつつも、「優越的地位の濫用」に該当する行為を避けるよう注意喚起しています。インボイス登録の強制や取引額減額の圧力は違法であり、互いに過度な負担がかからない取引内容の見直しが重要です。

インボイス領収書の注意事項

インボイス対応の領収書を作成する際は、従来の領収書とは異なる記載項目が必要となります。インボイス領収書の必須記載項目は、以下のとおりです。

• 適格請求書発行事業者の氏名・名称
• 適格請求書発行事業者の登録番号（Tから始まる13桁）
• 取引年月日
• 取引内容（軽減税率対象の場合はその旨も記載）
• 税率ごとに区分した消費税額等
• 書類の交付を受ける事業者の氏名・名称

以下の場合はインボイス領収書として認められませんので、注意してください。

• 登録番号の記載なし
• 税込総額のみ記載
• 軽減税率対象の明記なし

インボイス領収書のフォーマットが用意されているツールもあります。不安な場合は、既存のフォーマットを活用しましょう。

保存期間と保存方法

インボイス領収書の保存期間は7年間です。保存方法については、以下のいずれかを選択してください。

【紙での保存】
原本またはコピーでの保存

【電子保存】
スキャナ保存やPDFデータでの保存

なお電子保存を選択する場合は、電子帳簿保存法の要件を満たす必要があります。電子帳簿保存法の主な要件は、以下のとおりです。

• タイムスタンプ付与など、改ざん防止措置を行う
• 日付・金額・取引先での検索の検索機能を確保する
• ディスプレイ・プリンタでの出力を可能性にする

なお領収書を電子データでやりとりした場合は、データそのものを保存しておく必要があります。

電子領収書の発行方法と注意点

電子領収書をPDFやクラウドシステムで発行する場合も、紙の領収書と同じ記載項目が必要です。登録番号などの記載漏れがないか、確認してください。訂正や修正が必要になった場合は、新たな適格請求書を発行しましょう。

また電子領収書の送付方法については、取引先にデータが確実に届く形式であることが重要です。特にメール送信の場合は、送信エラーや迷惑メールフィルターによる除外がないよう、送信後に確認すると安心です。

また電子データのインボイス領収書を保存する場合は、改ざん防止措置や検索機能の確保といった要件も確認しましょう。

会計処理に使えるインボイス計算ツールや補助金は？

インボイス制度の事務作業では、インボイス計算ツールや会計ソフトを活用すると便利です。ツールの導入には、補助金も活用できます。

ここではインボイスの会計処理に使える計算ツールや、補助金を見ていきましょう。

対応計算ソフト一覧

インボイス計算に対応した会計ソフトには、主に以下のものがあります。

• freee
• マネーフォワード
• 弥生会計
• 勘定奉行

必須記載事項のチェックや税率ごとの区分計算機能が搭載されているので、効率的にインボイスに対応した会計処理が行えます。

会計ソフト導入に対する補助金

IT導入補助金には通常枠とインボイス枠があり、それぞれ補助率や上限額が異なります。

IT導入補助金の枠	補助率・上限等
通常枠	・補助率　1/2等 ・上限額　450万円
インボイス枠（インボイス対応類型・電子取引類型）	・補助率 50万円以下 3/4 50万円超 2/3　 ・上限額　350万円

なおインボイス枠には、「インボイス対応類型」と「電子取引類型」が設定されています。ソフトウェア購入費・ハードウェア関連費・導入関連費のほか、クラウド利用費（クラウド利用料最大２年分）も対象です。

まとめ

インボイス制度の経過措置は段階的に縮小され、令和11年10月には完全廃止されます。反対意見も根強く残る制度ですが、インボイス登録事業者の数は増加傾向にあります。令和5年中にインボイス発行事業者になった者は、197万6千人でした。

これからインボイス登録を行う事業者は、ぜひ、補助金制度も上手に活用してください。制度の目的と仕組みを理解し、支援も確認しながら、事業者としての在り方を考えていきましょう。

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