【2026年度】医療費助成の受給者証・診察券のマイナンバーカード一体化補助金とは？医療機関・薬局向けに解説

紙の健康保険証の運用は2025年12月で終了し、医療現場ではマイナ保険証を軸とした受付業務への移行が進んでいます。マイナ保険証の利用率も2026年1月時点で6割を超えました。

こうした流れのなかで、医療機関・薬局向けに新たに公募されているのが、「医療費助成の受給者証・診察券のマイナンバーカード一体化補助金」です。この制度では、「医療費助成の受給者証」および「診察券」をマイナンバーカードに一体化するためのレセプトコンピュータ（レセコン）改修費が対象となります。

本記事では、令和8年度（2026年度）の最新公募について、対象事業・補助額・必要書類・申請方法を医療機関・薬局向けにお伝えします。

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【2026年度】医療費助成の受給者証・診察券のマイナンバーカード一体化補助金とは

「医療費助成の受給者証・診察券のマイナンバーカード一体化補助金」は、医療機関・薬局がマイナンバーカードを次の2つの用途に対応させるための、レセプトコンピュータ（レセコン）改修費を補助する制度です。

紙の保険証廃止以降、患者は健康保険の資格確認をマイナ保険証1枚で済ませられるようになりましたが、医療費助成の受給者証や診察券は依然として別に持参・提示・手入力が必要な状態でした。本補助金で対応するレセコン改修により、これらもマイナンバーカード1枚に集約され、患者の利便性向上と医療機関の事務作業削減が同時に実現します。

上位の事業名は「医療機関等におけるマイナンバーカード利活用推進事業」で、厚生労働省の方針に基づき、社会保険診療報酬支払基金（医療情報化支援基金）が補助金を交付します。2026年3月末時点で、全国622自治体（41都道府県、581市町村）が医療費助成のオンライン資格確認に参加し、約6.9万の医療機関・薬局でレセコン改修が完了しています。

申請期間

2026年（令和8年）5月15日 ～ 2026年（令和8年）9月30日

予算の範囲内で実施されるため、予算上限に到達した場合は申請期限より前に終了する可能性があります。申請期間より前に改修を行った場合も補助対象です。

昨年度（令和7年度）より申請期間が短いため、改修が完了し申請書類が整い次第、早めの申請が推奨されています。

補助対象事業（3区分から選択）

施設は、以下の3つの区分から自施設に該当するものを1つ選んで申請します。

なお、診察券の廃止までは補助の要件ではありません。マイナ診察券への移行段階で、紙の診察券との併用運用も可能です。

補助額

施設区分ごとに補助額が異なります。

診療所向け

3区分とも共通の補助額です。

区分	補助上限額	補助率・事業費上限
①医療費助成オンライン資格確認	5.4万円	事業費7.3万円を上限にその3/4
②医療費助成・マイナ診察券	5.4万円	事業費7.3万円を上限にその3/4
③マイナ診察券のみ	5.4万円	事業費7.3万円を上限にその3/4

病院向け

病院は再来受付機等の改修を含むかどうかで補助額が大きく異なります。

区分	再来受付機等の改修	補助上限額	補助率・事業費上限
①医療費助成オンライン資格確認	―	28.3万円	事業費56.6万円を上限にその1/2
②医療費助成・マイナ診察券	含む	60.0万円	事業費120万円を上限にその1/2
②医療費助成・マイナ診察券	含まない	28.3万円	事業費56.6万円を上限にその1/2
③マイナ診察券のみ	含む	60.0万円	事業費120万円を上限にその1/2
③マイナ診察券のみ	含まない	28.3万円	事業費56.6万円を上限にその1/2

再来受付機を新たに購入する場合、本体価格は補助対象外ですが、マイナ診察券を利用するためのオプション費用は補助対象になります。領収書内訳書でオプション費用が切り分けて記載されていることが条件です。

薬局向け

薬局は区分①のみ対象で、「大型チェーン薬局」か「それ以外」かで補助額が異なります。

区分	補助上限額	補助率・事業費上限
大型チェーン薬局以外	5.4万円	事業費7.3万円を上限にその3/4
大型チェーン薬局	3.6万円	事業費7.3万円を上限にその1/2

「大型チェーン薬局」とは、当年2月末日時点で同一グループ内の保険薬局の月間処方箋受付回数を合計した値が4万回を超える薬局を指します（特掲診療料の施設基準等の取扱いに準拠）。

必要書類

申請に必要な書類は、区分ごとに異なります。

申請方法・申請窓口

申請は以下の「医療機関等向け総合ポータルサイト」からオンラインで行います。郵送等での申請はありません。

・医療機関等向け総合ポータルサイト：https://iryohokenjyoho.service-now.com/csm
・補助金案内ページ：https://iryohokenjyoho.service-now.com/csm?id=kb_article_view&sysparm_article=KB0011504
・お問い合わせ先：オンライン資格確認等コールセンター（通話無料）0800-080-4583　月曜日～金曜日 8:00～18:00（祝日除く）／土曜日 8:00～16:00（祝日除く）

補助対象外となるもの・注意点

申請時に陥りやすい点として、以下にご注意ください。

・顔認証付きカードリーダー・資格確認端末の購入費は補助対象外です。今回の補助は「レセコン・再来受付機等の改修費」が対象であり、カードリーダー本体は別扱いとなります

・同一医療機関等での複数回申請は不可です。マイナ診察券対応と医療費助成対応を段階的に導入する場合でも、最終的にまとめて1回で申請する必要があります

・過去に関連する補助事業（難病医療費助成制度におけるレセコン改修補助、自立支援医療関係の改修補助など）でレセコン改修の交付を受けている場合は、本事業の申請はできません

・医科・歯科併設で医療機関等コードが分かれている場合は、医科・歯科それぞれで申請可能です

・所在地の自治体が医療費助成のオンライン資格確認を導入していなくても、補助金の交付対象になります（あらかじめレセコン改修を行うことに価値があります）

システム改修の具体的なイメージ

「マイナ診察券で受付ができる状態」とは、現場の運用上どう変わるのか。施設の状況別に、必要な改修のパターンを整理します。

ケース1：再来受付機が設置されていない場合

オンライン資格確認システム経由で、患者の医療保険資格情報と一緒に「診察券番号（照会番号）」が含まれたファイルが提供されます。このファイルをレセコンで読み取って受付に使えるよう改修すれば、マイナ診察券による受付が可能になります。

これまで職員が紙の診察券を見て診察券番号を手入力していた業務が、ファイル取り込みで自動化される形です。あわせて、患者受付登録一覧に氏名・生年月日・患者番号を自動連携する改修も補助対象となります。

なお、必須ではありませんが、運用上「紙の診察券に書かれた情報を印刷した受付票」のような帳票が必要な場合、その印刷機器の導入経費も補助対象となります。

ケース2：再来受付機が設置されている場合

ケース1の対応に加えて、再来受付機側でも改修が必要です。顔認証付きカードリーダー・レセコン端末と再来受付機を連携させて、再来受付機で診察券番号（照会番号）を読み取れるようにする改修を行います。

再来受付機の改修にともなって電子カルテ・自動精算機などの周辺システムにも改修が発生する場合があり、その費用も補助対象に含めて申請できます。

ケース3：自動精算機で診察券を使っている場合

たとえば「受付票に印字されたバーコード等を読み込めるよう、自動精算機側にバーコード読み取り機能を追加する」といった対応で運用を継続できます。この改修費用も補助対象です。

ケース4：医科・歯科併設で別々のレセコンを使っている場合

医科・歯科でそれぞれ異なるレセコンを導入しており、それぞれ改修する場合は両方が補助対象となります。医療機関等コードごとに申請するため、それぞれの申請が必要です。

ケース5：レセコンが既に診察券番号を読み込めるようになっている場合

レセコン側の改修は不要だが、現状その機能を活用していない、というケースもあります。この場合、レセコン側で設定変更を行いつつ、診察券情報を印刷するための機器を新たに導入する場合、その印刷機能の導入経費は補助対象として認められます。

よくある質問

申請期間（2026年5月15日）以前に改修を行いましたが、補助金の申請はできますか？

可能です。申請期間以前に改修を行った場合も補助対象となります。ただし、申請期限である9月30日までに申請を完了する必要があります。予算上限に達した場合はそれ以前に受付終了する可能性があるため、早めの申請が推奨されています。

マイナ診察券対応と医療費助成オンライン資格確認の改修を、段階的に分けて実施したい。補助金の申請も複数回に分けてよいですか？

できません。二重請求防止の観点から、同一医療機関等での複数回申請は認められていません。段階的に導入する場合は、すべての導入が完了したのち、区分②（医療費助成・マイナ診察券）として一括で交付申請してください。

所在地の自治体がまだ医療費助成のオンライン資格確認に対応していません。それでも補助金の対象になりますか？

対象になります。所在地の自治体が医療費助成のオンライン資格確認の事業を導入していなくても、レセコンの改修を行っていただくこと自体は可能で、補助金も交付されます。なお、一度改修すれば、後から自治体が導入したり、対象となる医療費助成制度が追加されても、原則として追加の改修は不要です。長期的に見て事務コスト削減につながります。

オンライン資格確認の対象となる医療費助成制度が増えるたびに、改修が必要になりますか？

基本的には不要です。一度システム改修を行えば、オンライン資格確認の対象となる各医療費助成の受給者証情報を受け取れる仕様になっています。新しい医療費助成制度が追加されても、都度の追加改修は発生しません。

再来受付機を購入したい場合、本体価格は補助対象になりますか？

再来受付機本体の購入費は補助対象になりません。ただし、再来受付機を導入する際に、マイナ診察券利用のためのオプションを併せて導入する場合、そのオプション部分の費用は補助対象になります。申請時に添付する「領収書内訳書」で、マイナ診察券オプションの経費が本体価格と切り分けて記載されている必要があります。

医科・歯科を併設しています。医科と歯科それぞれで申請できますか？

それぞれで申請可能です。医療機関等コードごとに申請する仕組みのため、医科・歯科それぞれが別の医療機関等コードを持っている場合は別々に申請でき、それぞれ異なるレセコンを改修する場合は両方とも補助対象となります。

「大型チェーン薬局」と「大型チェーン薬局以外」の区分はどう判定しますか？

当年2月末日時点で、同一グループ内の保険薬局について、薬局ごとの1月当たりの処方箋受付回数を合計した値が4万回を超えるか否かで判定します（「特掲診療料の施設基準等及びその届出に関する手続きの取扱いについて」第88の1（8）の例による）。令和8年度から、薬局は申請区分確認シートと、「調剤基本料の施設基準に係る届出添付書類（様式84）」の写しなどを添付する必要がありますのでご注意ください。

まとめ

令和8年度（2026年度）の「医療機関等におけるマイナンバーカード利活用推進事業」は、医療費助成の受給者証や診察券をマイナンバーカードに一体化するためのレセコン改修費を補助する制度です。

ポイントを整理すると以下のとおりです。

紙の保険証廃止後の業務フロー整備、医療事務コストの削減、患者の利便性向上の観点からも、レセコン改修を検討中の医療機関・薬局のみなさまは、申請期限内の早めの手続きをご検討ください。