ECサイト制作に使える補助金まとめ【2026年・令和8年度】ネットショップ開業から運営まで6つの方法を解説

ECサイトの構築や運営には、制作費、システムの利用料、広告費、出荷体制の整備など、まとまった費用がかかります。国や自治体の補助金・助成金を活用すれば、こうした費用の負担を抑えながらネット販売を始めたり、強化したりできます。

経済産業省の調査によると、2024年の国内BtoC-EC市場規模は26.1兆円（前年比5.1％増）、EC化率は9.8％と、いずれも拡大が続いています。ECサイト構築を検討している場合、同時に活用できる補助金を押さえておきましょう。

この記事では、ECサイトの構築から開業、運営、出荷までの場面ごとに使える6つの制度と、申請するときの注意点を解説します。

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ECサイトに使える補助金・助成金一覧【目的別早見表】

ECサイトに使える制度は、目的によって選ぶべきものが変わります。まずは下の表で、自社の状況に近いものを確認してください。

目的	制度名	補助上限額	補助率	ECで使える主な経費
ECサイトを構築したい	小規模事業者持続化補助金〈一般型・通常枠〉	50万円（特例で最大250万円）	2/3	ECサイトの構築・改修、ネット広告
開業1年以内にネットショップを立ち上げたい	小規模事業者持続化補助金〈創業型〉	200万円（インボイス特例で250万円）	2/3	ECサイトの構築・改修、ネット広告
新事業としてECに本格投資したい	新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（新事業進出枠）	2,500万〜7,000万円（賃上げ特例で最大9,000万円）	1/2	システム構築費、クラウドサービス利用費、広告宣伝・販売促進費
受注・在庫・決済などの運営を効率化したい	デジタル化・AI導入補助金	通常枠は最大450万円	1/2〜4/5	登録されたITツールの導入費、クラウド利用料
梱包・倉庫・出荷を自動化したい	中小企業省力化投資補助金	カタログ注文型は最大1,500万円、一般型は最大1億円	1/2〜2/3	省力化のための設備・システム
地域の制度を使いたい	自治体のECサイト補助金	20万〜30万円（本記事で紹介する3制度の場合）	1/2〜2/3	ECサイトの構築費、モールへの出店費用

小規模な事業者がECサイトを作る場合は、まず小規模事業者持続化補助金と自治体の制度が候補になります。そのほかの制度は、ECサイトの制作そのものよりも、新事業への投資や運営の効率化に向いています。

小規模事業者持続化補助金〈一般型・通常枠〉｜ECサイト構築の第一候補

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者が経営計画にもとづいて行う販路開拓の取組を支援する制度です。ECサイトの構築費用が補助対象経費に含まれているため、ネット販売を始めたい小規模事業者がまず検討したい補助金です。

項目	内容
対象者	常時使用する従業員が、商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く）は5人以下、宿泊業・娯楽業と製造業その他は20人以下の事業者。個人事業主も対象
補助率	2/3（賃金引上げ特例を申請する赤字事業者は3/4）
補助上限額	50万円（インボイス特例で100万円、賃金引上げ特例で200万円、両方の適用で250万円）
ECに使える主な経費	ウェブサイト関連費、広報費

従業員の数には、会社役員や個人事業主本人、同居の親族従業員などを含みません。

本制度は、「インボイス特例」「賃金引上げ特例」により補助上限額を引き上げることができます。ただし、両方とも賃金の一定以上の引き上げが求められます。補助事業の終了時点で要件を満たせないと、上乗せ分だけでなく補助金全体が交付されない点にも注意してください。

ECサイトの費用は「ウェブサイト関連費」で申請する

ECサイトの構築にかかる費用は「ウェブサイト関連費」、インターネット広告やSNS広告は「広報費」として計上します。補助金額の上限はどちらも30万円（税込）で、2つを合わせても最大60万円です。

注意したいのは、この2つの経費は単独では申請できない点です。機械装置等費や委託・外注費、展示会等出展費など、ほかの補助対象経費と組み合わせる必要があります。

たとえば「新商品の製造に必要な機械の導入」「その商品を販売するECサイトの構築」「SNS広告の出稿」を、1つの販路開拓計画としてまとめる形です。ECサイトだけを作りたい場合は、後述する自治体の補助金のほうが使いやすいでしょう。

申請前に確認したいポイント

詳しい要件や最新の公募スケジュールはこちら：小規模事業者持続化補助金〈一般型・通常枠〉の解説記事

小規模事業者持続化補助金〈創業型〉｜ネットショップ開業1年以内なら

創業型は、創業後1年以内の小規模事業者を対象にした類型です。補助率は2/3、補助上限額は200万円（インボイス特例を適用すると250万円）で、一般型・通常枠の基本上限50万円より大きな金額を申請できます。

一般型との違い

項目	創業型	一般型・通常枠
対象者	創業後1年以内の小規模事業者	創業年数の制限なし
補助上限額	200万円（インボイス特例で250万円）	50万円（特例で最大250万円）
補助率	2/3	2/3（賃金引上げ特例の赤字事業者は3/4）
ウェブサイト関連費	補助金額の上限30万円（税込）、単独申請は不可	補助金額の上限30万円（税込）、単独申請は不可

創業型と一般型・通常枠は、同時に申請できません。また、ECサイトの構築費用に使えるウェブサイト関連費の上限は、創業型でも30万円（税込）です。上限200万円を活かすには、機械装置の導入や店舗の改装など、開業時のほかの投資とあわせて計画する必要があります。

対象者と特定創業支援等事業

創業型に申請するには、次の2つを両方満たす必要があります。対象となる具体的な期間は、公募回ごとに定められています。

特定創業支援等事業とは、認定を受けた市区町村などが実施する創業支援です。経営・財務・人材育成・販路開拓の4分野について、原則1か月以上・4回以上にわたるセミナーや個別相談が該当します。申請には認定市区町村が発行する証明書が必要で、法人は代表者本人、個人事業主は事業主本人が支援を受けていなければなりません。

なお、申請時点で開業・設立が完了していない創業予定者は対象外です。個人事業を法人化した場合、個人事業の開業日から1年を過ぎていると、法人の設立が直近でも申請できないため注意しましょう。

詳しくはこちら：

新事業進出・ものづくり商業サービス補助金｜新事業としてECを立ち上げる大型投資

新事業進出・ものづくり商業サービス補助金は、中小企業の新製品・新サービス開発、既存事業とは異なる新市場への進出、輸出に向けた国内体制の強化を支援する制度です。3つの申請枠のうち、EC事業と関係が深いのは「新事業進出枠」と「グローバル枠」です。

どちらの枠も補助下限額が750万円と大きく、ECサイトを作るだけの計画には向きません。新しい商品やサービスを、設備やシステムへの投資とあわせて事業として立ち上げる場合に検討する制度です。

新事業進出枠の補助額・対象経費

新事業進出枠の補助率は1/2（地域別最低賃金引上げ特例の適用を受ける場合は2/3）です。補助上限額は従業員数によって変わります。

従業員数	補助上限額	賃上げ特例の適用時
1〜20人	2,500万円	3,000万円
21〜50人	4,000万円	5,000万円
51〜100人	5,500万円	7,000万円
101人以上	7,000万円	9,000万円

EC事業に関係する主な対象経費は次のとおりです。機械装置・システム構築費または建物費のいずれかを、必ず補助対象経費に含める必要があります。

経費区分	内容
機械装置・システム構築費	専ら補助事業のために使う機械装置、専用ソフトウェア・システムの購入や構築
クラウドサービス利用費	専ら補助事業のために使うクラウドサービスの利用費
広告宣伝・販売促進費	補助事業の製品・サービスの広告、ウェブサイト、展示会出展など（上限は補助事業の売上見込みの5％）

申請にあたっては、補助事業終了後3〜5年の事業計画で、付加価値額の年平均成長率4.0％以上、1人当たり給与支給総額の年平均成長率3.5％以上などの要件を満たす必要があります。賃上げに関する要件は、未達の場合に補助金の返還が求められます。

なお、応募申請時点で従業員が0名の事業者と、新規設立・創業後1年に満たない事業者は、新事業進出枠の対象外です。

詳しくはこちら：

越境ECを本格化するならグローバル枠

グローバル枠は、海外市場の開拓（輸出）に向けた国内の輸出体制強化を支援する枠です。補助率は2/3、補助上限額は新事業進出枠と同じで、海外旅費や通訳・翻訳費も対象経費に含まれます。

対象となるのは、自社の製品を活用して自発的に新たな海外販路を開拓する取組で、これまで対象としていなかった国・地域の市場であることが要件です。越境ECで海外に販路を広げるにあたり、国内の製造・出荷体制を強化する投資を行う場合に候補になります。

詳しくはこちら：

デジタル化・AI導入補助金｜受注・在庫・決済などEC運営ツールの導入

デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）は、業務効率化のためのITツール導入を支援する制度です。EC事業者にとっては、サイトのデザインやページ制作よりも、受発注・在庫・決済・会計といった運営業務を効率化するツールの導入に向いています。

EC事業者が使える枠と対象ツール

補助対象になるのは、事務局に登録されたITツールを、登録されたIT導入支援事業者を通じて導入する場合に限られます。市販のソフトウェアでも、登録されていなければ対象になりません。EC事業者が使いやすいのは次の2つの枠です。

・通常枠：受発注、在庫管理、顧客管理、会計など、自社の課題に合ったITツールの導入を支援します。
・インボイス枠（インボイス対応類型）：インボイス制度に対応した会計・受発注・決済ソフトの導入を支援します。ソフトとあわせて導入するパソコン、タブレット、レジなども対象です。

導入したいツールが登録されているかどうかは、公式サイトのITツール・IT導入支援事業者検索で確認できます。ECサイトに関連するツールを検討している場合も、登録の有無と補助対象の範囲を、IT導入支援事業者に確認してから進めましょう。

補助額・補助率

申請枠	補助額	補助率
通常枠（1プロセス以上）	5万円〜150万円未満	1/2（条件により2/3）
通常枠（4プロセス以上）	150万円〜450万円	1/2（条件により2/3）
インボイス枠：ソフトウェア（50万円以下の部分）	〜50万円	3/4（小規模事業者は4/5）
インボイス枠：ソフトウェア（50万円超の部分）	〜350万円	2/3
インボイス枠：パソコン・タブレット等	〜10万円	1/2
インボイス枠：レジ・券売機	〜20万円	1/2

クラウドサービスの利用料は、最大2年分が補助対象です。申請前に、次の点を確認しておきましょう。

詳しい要件はこちら：

中小企業省力化投資補助金｜梱包・倉庫・出荷の自動化

中小企業省力化投資補助金は、人手不足に直面する中小企業が、IoTやロボットなどの省力化設備を導入する費用を補助する制度です。ECサイトの構築には使えませんが、受注が増えた後の梱包・在庫管理・出荷を省力化する投資に活用できます。

カタログ注文型と一般型の違い

制度は、登録済みの製品から選ぶ「カタログ注文型」と、自社に合わせて設備を選定する「一般型」の2つに分かれています。

項目	カタログ注文型	一般型
特徴	事務局に登録された製品から選んで導入	自社の課題に合わせて設備やシステムを自由に選定
補助上限額	従業員数に応じて500万〜1,000万円（大幅な賃上げで最大1,500万円）	従業員数に応じて750万〜8,000万円（大幅な賃上げで最大1億円）
補助率	1/2以下	中小企業は1/2（大幅な賃上げで2/3）、小規模事業者等は2/3
申請方法	販売事業者と共同で随時申請	公募回ごとに、事業計画書を作成して申請

導入したい機器がカタログに登録されていて、短期間で導入したい場合はカタログ注文型が向いています。自社の現場に合わせたオーダーメイドの設備や、複数の機器を組み合わせた投資には一般型を検討します。

なお、カタログ注文型では、残業時間や求人の状況などから人手不足の状態にあることを示す必要があります。一般型は、応募申請時点で賃上げ要件の対象となる従業員がいない事業者は申請できません。

EC・通販での活用イメージ

一般型の公式資料では、通信販売事業者の活用例が紹介されています。オンラインショッピングの顧客数や購買量の増加に対応するため、自動梱包機と倉庫管理システムをオーダーメイドで開発・導入する、という内容です。

このほか、EC・通販の現場に関係する省力化設備には、次のようなものがあります。

同等の性能の設備への単なる入れ替えは認められにくく、削減できる作業時間や人数など、省力化の効果を示せることがポイントです。

詳しくはこちら：

自治体のECサイト補助金

国の制度に加えて、市区町村がECサイトの構築やモールへの出店を独自に支援しているケースがあります。補助額は国の制度より小さいものの、ECサイトの費用だけで申請でき、モールへの出店費用まで対象になる制度もあります。ここでは令和8年度に実施されている主な制度を紹介します。

東京都のEC関連費用の支援制度

東京都と東京都中小企業振興公社も、EC関連の費用を対象に含む支援を行っています。

制度名	内容
市場開拓助成事業	東京都などから一定の評価や支援を受けた製品、または成長産業分野に属する自社製品の販路開拓を支援します。展示会への参加費に加えて、EC出店の初期登録料やサイトの制作・改修費も販売促進費として対象です。助成限度額は300万円、助成率は1/2以内です。
越境EC出品支援事業	都内中小企業の越境ECへの出品を支援する事業です。経費を助成する制度ではなく、出品や運用の支援を受けられます。

制度の詳細はこちら：東京都「市場開拓助成事業」

その他の地域の制度

東京都以外でも、市がECサイトの構築やモールへの出店を独自に支援している例があります。令和8年度に実施されている3つの制度をまとめました。

制度名	内容
福島県いわき市「EC促進支援対象事業」	補助率・限度額：2/3以内・30万円 対象者：市内に本社または事業所を置く、卸売業・小売業の中小企業（個人を含む） 対象経費：モール型ECサイトへの出店・出品の初期登録料や出店料、売上に応じて発生するモールの利用料、出店代行・サイト作成・商材写真の制作などの外注費、自社ECサイト構築の初期経費
秋田県潟上市「事業者ECサイト活用補助金」	補助率・限度額：1/2以内・20万円 対象者：市内で事業を営む第2次・第3次産業の法人または個人事業者（事務所を有する第1次産業の法人も対象） 対象経費（ECサイトの開設・改修）：委託費、サーバーの初期費用、ドメイン取得費用、ショッピングカート等のASP利用の初期費用、バナー広告料やSEO対策費など 対象経費（モール型ECサイトへの出店）：入会金・登録料、ページ等の制作料
愛知県小牧市「中小企業ECサイト導入支援補助金」	補助率・限度額：1/2・20万円 対象者：市内に事業所を有し、その事業所で事業を行っている中小企業者 対象経費：自社ECサイトの開設・改修にかかる外部委託費用

自分の地域の制度の探し方

自治体の補助金は、事業所の所在地が要件になります。また、年度ごとに内容が変わり、予算に達すると年度の途中でも受付が終了します。次の方法で、最新の情報を確認しましょう。

・補助金ポータルの補助金検索で、地域を指定して探す
・市区町村の商工担当課や、地域の商工会・商工会議所に問い合わせる

あわせて検討したい制度

ECサイトの構築や設備への投資とは別に、EC事業を担う人材の育成に使える助成金もあります。

人材開発支援助成金の「事業展開等リスキリング支援コース」は、新規事業の立ち上げなどの事業展開や、デジタル化に対応するための人材育成を支援する制度です。従業員に訓練を受けさせた場合に、訓練経費や訓練期間中の賃金の一部が助成され、経費の助成率は最大75％です。

新たにEC事業を始めるにあたって、担当者にEC運営やWebマーケティングの研修を受けさせる場合などに検討できます。対象になるかどうかは訓練の内容によって決まるため、事前に管轄の労働局へ確認してください。なお、このコースは令和8年度までの期間限定の制度です。

詳しくはこちら：

ECサイトで補助金を使うときの注意点

制度ごとに細かな要件は異なりますが、ECサイトで補助金を使う場合に共通して気をつけたい点が4つあります。

交付決定前の発注・契約は対象外

補助金は原則として、交付決定を受けた後に発注・契約・支払いをした経費だけが対象になります。採択の結果を待たずに制作会社と契約してしまうと、その費用は補助対象外です。ECサイトの公開時期が決まっている場合は、交付決定までの期間も含めて計画を立てましょう。

補助金は後払い

補助金は、事業を実施して実績報告を行い、金額が確定した後に支払われます。ECサイトの制作費や設備の購入費は、いったん全額を自社で支払う必要があります。

GビズIDプライムの取得

国の補助金の多くは電子申請で、GビズIDプライムのアカウントが必要です。取得には数週間かかる場合があるため、申請を考え始めた段階で手続きしておくと安心です。

詳しくはこちら：GビズIDとは？種類や取得フローを解説

同じ経費に複数の補助金は使えない

同じ経費に対して、複数の補助金を重ねて受け取ることはできません。国の補助金と自治体の補助金を両方使いたい場合は、対象とする経費を分けられるかどうかを、それぞれの窓口で確認してください。

よくある質問

IT導入補助金でECサイトは作れる？

IT導入補助金は、2026年度から「デジタル化・AI導入補助金」に名称が変わりました。現在のインボイス枠の対象は会計・受発注・決済の機能を持つソフトで、ECサイトの制作を対象とした類型はありません。補助対象は事務局に登録されたITツールに限られるため、ECサイトの制作費を補助金でまかないたい場合は、小規模事業者持続化補助金や自治体の制度を先に検討するのがおすすめです。

ShopifyやBASEなどの月額利用料は対象になる？

制度によって扱いが異なります。小規模事業者持続化補助金では、継続的に支払うソフトウェアの月額・年額利用料は原則として補助対象外です。デジタル化・AI導入補助金ではクラウド利用料の最大2年分が対象になりますが、IT導入支援事業者が登録したツールを、その支援事業者を通じて導入する場合に限られます。自治体の制度は対象範囲がそれぞれ異なるため、募集要領で確認してください。

楽天市場などモールへの出店費用は対象になる？

自治体の制度には、モールへの出店費用を対象にしているものがあります。本記事で紹介した制度では、いわき市が初期登録料や出店料など、潟上市が入会金・登録料やページ制作料を対象としています。一方、小牧市のように自社ECサイトだけを対象とし、モールへの登録を対象外とする制度もあります。国の補助金での取扱いは、申請前に事務局や商工会・商工会議所に確認してください。

個人事業主でも申請できる？

本記事で紹介した国の制度は、いずれも個人事業主が対象に含まれます。ただし、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金と中小企業省力化投資補助金の一般型は、応募申請時点で従業員がいない事業者は申請できません。自治体の制度も、いわき市・潟上市は個人の事業者を対象に含めています。

複数の補助金を併用できる？

同じ経費に複数の補助金を充てることはできません。経費が重複しない別の事業であれば併用できる場合もありますが、制度ごとに制限があります。たとえば、小規模事業者持続化補助金の一般型・通常枠と創業型は同時に申請できません。小牧市の補助金は、国や県などから同じ事業について他の補助金を受けていないことが要件です。

まとめ

ECサイトに使える補助金は、目的によって選ぶ制度が変わります。

補助金は原則として、交付決定前に発注した経費は対象にならず、支払いも後払いです。ECサイトの公開時期から逆算して、早めに準備を始めましょう。自社に合う制度がわからない場合は、補助金ポータルの無料相談もご活用ください。

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参考：
出典：経済産業省 令和6年度電子商取引に関する市場調査